Publication detail

DNA analyser, a new powerful tool to identify and analyse local DNA structures in genomes

BRÁZDA, V. JAGELSKÁ, E. B. KOLOMAZNÍK, J. LÝSEK, J. KAURA, P. BARTAS, M. COUFAL, J. ŠŤASTNÝ, J.

Original Title

DNA analyser, a new powerful tool to identify and analyse local DNA structures in genomes

Type

abstract

Language

English

Original Abstract

Local DNA structures play important roles in the regulation of basic biological processes. Whilst computational approaches to identify these structures are available, the number of easily accessible and user­friendly tools is limited, especially for analysis of different types of local structures within long nucleotide sequences. We have developed a web­based server, DNA analyser, which is a user­friendly application for analysing local DNA structures. At first we implemented a tool for analyses of inverted repeats in various nucleic acids sequences including genome sequences and oligonucleotides. It allows users to search and retrieve desired gene/nucleotide sequence entries from the NCBI databases, and provides data on length, sequence, locations and energy required for cruciform formation.  We have recently included new tools for analyses of quadruplex­forming sequences – an interactive web­version of the G4hunter algorithm ­ as well as a tool to search for p53 target sequences. DNA analyser also features an interactive graphical representation of the distribution of local DNA structures and options for sorting and data export. DNA analyser allows whole genome analyses and it is freely available at http://bioinformatics.ibp.cz

Keywords

DNA analyser, DNA structures, G4hunter algorithm

Authors

BRÁZDA, V.; JAGELSKÁ, E. B.; KOLOMAZNÍK, J.; LÝSEK, J.; KAURA, P.; BARTAS, M.; COUFAL, J.; ŠŤASTNÝ, J.

Released

6. 7. 2019

ISBN

2211-5463

Periodical

FEBS Open Bio

Year of study

9

Number

S1

State

United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland

Pages from

149

Pages to

149

Pages count

1

URL

https://febs.onlinelibrary.wiley.com/toc/22115463/2019/9/S1

BibTex

@misc{BUT157848,
  author="BRÁZDA, V. and JAGELSKÁ, E. B. and KOLOMAZNÍK, J. and LÝSEK, J. and KAURA, P. and BARTAS, M. and COUFAL, J. and ŠŤASTNÝ, J.",
  title="DNA analyser, a new powerful tool to identify and analyse local DNA structures in genomes",
  year="2019",
  journal="FEBS Open Bio",
  volume="9",
  number="S1",
  pages="149--149",
  doi="10.1002/2211-5463.12675",
  issn="2211-5463",
  url="https://febs.onlinelibrary.wiley.com/toc/22115463/2019/9/S1",
  note="abstract"
}