čeština

Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA.

Je doporučené souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Výuka předmětu je realizována formou blokové výuky v rámci 4 úloh. Výuka probíhá vždy 6 výukových hodin jednou za 14 dní. Součástí vyučování je jedna úvodní a závěrečná hodina.
Celková časová náročnost výuky je 26 hodin za semestr.
Vyučujícím a studentům je k dispozici e-learningový systém LMS Moodle.

Praktikum je ukončeno testem a kontrolou protokolů.

1. Bezpečnost práce. Uspořádání PCR laboratoře. Pipetování malých objemů.
2. Kultivace buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Vypracování protokolu formou posteru.
3. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Příprava negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce produktů PCR pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplikonu pomocí standardu s využitím programu Bionumerics. Vypracování protokolu formou posteru.
4. Izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk mléčného výrobku (probiotického nápoje) s využitím magnetických částic P (HEMA-co-GMA). Amplifikace DNA pomocí PCR v reálném čase. Vypracování protokolu formou posteru.
5. Seznámení se základy bioinformatiky ve formě přednášky a praktického procvičení na PC.
6. Test a kontrola protokolů.

Cílem praktika je praktické zvládnutí základních technik práce s DNA, zejména její amplifikace v PCR. Dalším cílem je zvládnutí přípravy posteru.

Účast v praktiku je povinná.

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)