Detail předmětu
Praktikum z molekulární biotechnologie
FCH-MC_MOB_PAk. rok: 2022/2023
Kurz je zaměřen na praktické zvládnutí metody polymerázové řetězové reakce (PCR) při identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj). DNA v kvalitě vhodné pro PCR je izolována z mléčného výrobku. Po ověření koncentrace a kvality DNA jsou připraveny směsi pro PCR a DNA je amplifikována v konvenční PCR a v PCR v reálném čase. Součástí kurzu je vypracování protokolů formou posterů, také přednáška a PC cvičení z bioinformatiky.
Jazyk výuky
Počet kreditů
Garant předmětu
Zajišťuje ústav
Výsledky učení předmětu
Prerekvizity
Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody
Celková časová náročnost výuky je 26 hodin za semestr.
Vyučujícím a studentům je k dispozici e-learningový systém LMS Moodle.
Způsob a kritéria hodnocení
Praktikum je ukončeno testem a kontrolou protokolů ze všech praktických úloh a z PC cvičení.
Osnovy výuky
1. Bezpečnost práce. Uspořádání PCR laboratoře. Pipetování malých objemů.
2. Kultivace buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury.
3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem.
4. Lyze buněk a izolace DNA pomocí kitové soupravy.
5. Ověření intaktnosti DNA z obou forem izolací pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Vypracování protokolu formou posteru.
6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Příprava negativní kontroly. Provedení PCR reakce.
7. Detekce produktů PCR pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplikonu pomocí standardu s využitím programu Bionumerics. Vypracování protokolu formou posteru.
8. Izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk mléčného výrobku (probiotického nápoje) s využitím magnetických částic P (HEMA-co-GMA).
9. Příprava směsi pro amplifikaci a amplifikace DNA pomocí PCR v reálném čase (RT_PCR). Vypracování protokolu formou posteru.
10. Seznámení se základy bioinformatiky ve formě přednášky.
11.–12. Seznámení se se základy bioinformatiky ve formě praktického procvičení na PC.
13. Test a kontrola protokolů.
Učební cíle
Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky
Základní literatura
Doporučená literatura
Elearning
Zařazení předmětu ve studijních plánech
- Program NPCP_CHMA magisterský navazující
specializace CHBL , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
- Program NKCP_CHTP magisterský navazující
obor NKCO_CHTP , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
- Program NPCP_CHTP magisterský navazující
obor NPCO_CHTP , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
- Program NPCP_MA magisterský navazující
obor NPCO_MA , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
- Program NPCP_PCHBT magisterský navazující 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
Typ (způsob) výuky
Elearning