Detail předmětu
Bioinformatika a databáze
FCH-MC_BIDAk. rok: 2022/2023
Cílem předmětu je poskytnout posluchačům základy bioinformatiky. Bioinformatika představuje spojení dvou technologií (oblast molekulární biologie a biotechnologií a oblast informačních technologií), u nichž došlo v posledních letech k explozivnímu růstu nových poznatků. Hlavní oblastí zájmu bioinformatiky je vyhledávání informací v databázích, srovnávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů, vyhledávání genů, funkční genomika, klasifikace proteinů a proteomika, fylogenetické studie a srovnávací genomika.
Shromažďováním a správou dat, vývojem nástrojů pro jejich analýzu a poskytováním informací se ve světě zabývá několik institucí. Na internetových stránkách těchto institucí jsou veřejně přístupné biologické databáze, které obsahují rozsáhlé soubory dat (nukleotidových nebo aminokyselinových sekvencí), které jsou obvykle spojeny s počítačovým softwarem pro aktualizaci a vyhledávání dat.
Jazyk výuky
Počet kreditů
Garant předmětu
Zajišťuje ústav
Výsledky učení předmětu
Prerekvizity
Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody
Výuka zahrnuje přednášku a cvičení. V rámci cvičení studenti vypracují projekt související s tematikou předmětu. Hodnotit se bude realizace, prezentace a dokumentace projektu.
Způsob a kritéria hodnocení
Zkouška z předmětu je písemná (test) a ústní. Při zkoušce musí student prokázat porozumnění danému předmětu. Hodnocení odpovídá systému ECTS.
Osnovy výuky
Osnova (týdenní výuka) :
1. Úvod do bioinformatiky
2. Základy molekulární biologie z pohledu informatiky
3. Nástroje molekulární biologie
4. Databáze biologických dat – EMBL, DBJ, GenBank, Swiss-Prot, TrEMBL
5. Zarovnání sekvencí, dynamického programování, BLAST, FASTA
6. Evoluční modely
7. Konstrukce fylogenetických stromů
8. Sestavování fragmentů DNA
9. Genomika a rozpoznávání genů
10. Proteiny a predikce jejich struktury
11. Výpočet sekundární struktury RNA
12. Proteomika, regulační sítě
13. Polymorfizmus genů a diverzita
Učební cíle
Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky
Účast na přednáškách není povinná, ale doporučuje se. Účast na cvičeních je povinná a kontrolovaná vyučujícím.
Základní literatura
Brown TA., Genomes 4, Garland Science, 2018 (CS)
Doporučená literatura
Elearning
Zařazení předmětu ve studijních plánech
- Program NPCP_CHMA magisterský navazující
specializace CHBL , 2 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
- Program NPCP_PCHBT magisterský navazující 2 ročník, zimní semestr, povinně volitelný
Typ (způsob) výuky
Elearning