Název ústavu odráží jeho hlavní zaměření, což se promítá do nabídky vyučovaných předmětů. Nosným předmětem je fyzikální chemie s přesahem do chemické fyziky. Postupně se zaměření ústavu vyprofilovalo do čtyř základních směrů aplikované fyzikální chemie: (bio)koloidní chemie, organická elektronika a fotonika, fotochemie a plazmochemie.

Ústav úzce spolupracuje s Centrem materiálového výzkumu již od jeho založení v roce 2010. Zaměstnanci i studenti proto mohou každodenně využívat špičkovou infrastrukturu tohoto výzkumného centra.